Dès 1993, des malades africains se sont regroupés pour mettre en place les premières associations de personnes touchées par le VIH. Elles ont dû alors convaincre le personnel soignant de leur pays de l'utilité de leur action. Dans d'autres pays, comme au Niger, c'est un médecin révolté par l'indifférence qui a lancé une véritable initiative communautaire avec l'association MVS (Mieux Vivre avec le Sida).
Dans tous les cas, les membres de ces associations ont eu le courage de défier le rejet et le déni suscité par la maladie, et leur visibilité a encouragé d'autres personnes touchées à venir les rejoindre.
Cela a par exemple été le cas pour l'ANSS, au Burundi, dont les deux premiers membres ont témoigné à la télévision, ce qui a donné à des centaines d'autres le courage de sortir du silence.
La mobilisation communautaire est née ainsi dans plusieurs pays d'Afrique au fur et à mesure des années, et se poursuit aujourd'hui. Cette mobilisation a d'abord visé à résoudre les problèmes quotidiens provoqués par la maladie : problèmes psychologiques, exclusion sociale, perte de revenus, infections opportunistes. Les associations, parce qu'elles réunissent des personnes touchées, ont su par elles-mêmes monter et développer des programmes à même de répondre au mieux à l'épidémie de sida dans leur pays.

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Les associations africaines, pour mieux se structurer et mieux lutter, se sont alors adressées à leurs aînées européennes, en 1994 au Sommet de Paris, pour recevoir un appui tant logistique qu'humain. Des contacts se sont noués entre associations françaises et africaines.
C'est suite à cette rencontre que AIDES, qui ne s'occupait alors que de l'épidémie en France, a été sollicitée pour s'impliquer en Afrique. Cette décision a découlé tout naturellement de la nature même de AIDES : née en 1984 comme une association communautaire, mettant au cœur de la lutte contre l'épidémie les droits de la personne touchée, elle ne pouvait qu'encourager les efforts de ceux qui allaient devenir ses futurs partenaires. AIDES a répondu à cette demande comme elle répondait aux personnes en France: aider pour renforcer, former pour autonomiser, et grâce à la solidarité, la mobilisation, le militantisme, faire avancer la lutte en induisant des changements bénéfiques et concrets pour les personnes infectées et affectées.
C'est avec la Côte d'Ivoire et le Burundi que cette histoire a commencé et c'est avec les militants d'Abidjan et de Bujumbura que nous avons appris à créer tous ensemble une solidarité Nord/Sud, horizontale.

En juillet 1997, dans la perspective de la mise en place d'un projet pilote d'accès aux traitements antirétroviraux en Côte d'Ivoire à l'initiative d'ONUSIDA, une formation sur l'accès aux traitements des professionnels de santé et d'associatifs a été mise en place par AIDES. Cette formation a concerné des personnes impliquées dans la lutte contre le sida de la sous région (Burkina Faso, Côte d'Ivoire, Guinée, Mali, Niger, Sénégal) afin de générer une dynamique plus large. De nombreuses associations rencontrées par AIDES depuis 1996 y ont participé, créant ainsi le premier noyau de mobilisation associative. C'est ainsi qu'en décembre 1997, a eu lieu le premier regroupement des associations africaines et de AIDES à Paris, créant un réseau informel d’échanges, le réseau « Afrique 2000 ».
Depuis, plus de dix regroupements des associations ont eu lieu à Bamako, Conakry, Niamey, Ouagadougou, Lomé, Bobo Dioulasso, Dakar, Sikasso (…).

Le XIIème regroupement de Lomé en juin 2006 a marqué une étape importante dans la vie politique du Réseau. Jusqu’alors unies de manière informelle, les associations du Réseau Afrique 2000 ont décidé ensemble de se structurer en un collectif d’associations, régi par une convention de partenariat et doté d’un organe de gouvernance, le Comité Exécutif. Constitué d’un représentant par pays (soit 8 membres), le Comité Exécutif se réunit deux fois par an en assemblée régulière. Les décisions y sont prises à l’unanimité.